دو و نیم سال از زمانی که ناروتو اوزوماکی برای تمرینات شدید از کنوهاگاکوره، دهکده برگ پنهان، خارج شد، می‌گذرد. این مدت پس از رویدادهایی که انگیزه او را برای قوی‌تر شدن افزایش داد، سپری شده است. اکنون آکاتسوکی، سازمان مرموز نینجاهای فراری و نخبه، به طرح بزرگ خود نزدیک می‌شود که ممکن است تهدیدی برای امنیت دنیای شینوبی باشد. اگرچه ناروتو بزرگ‌تر شده و وقایع تاریکی در افق به نظر می‌رسند، اما او از نظر شخصیت تغییر چندانی نکرده است—همچنان بی‌قرار و کودکانه است—اما اکنون اعتماد به نفس بیشتری دارد و اراده‌ای قوی‌تر برای محافظت از دوستان و خانه‌اش دارد. به هر قیمتی که باشد، ناروتو به مبارزه برای آنچه که برایش مهم است ادامه خواهد داد، حتی اگر این مبارزه به قیمت آسیب دیدن بدنش تمام شود، در ادامه داستان پسری که می‌خواهد هوکاگه شود.