پانزده سال پس از فاجعه‌ای ویرانگر که با نام "دومین ضربه" شناخته می‌شود، جهان با تهدیدی جدید روبه‌رو است: فرشتگان—موجودات آسمانی غول‌پیکر—یکی پس از دیگری به توکیو-۳ حمله می‌کنند. علی‌رغم استفاده از پیشرفته‌ترین سلاح‌ها و تاکتیک‌های نظامی، بشریت قادر به دفاع در برابر فرشتگان نیست. تنها امید نجات انسان‌ها در دستان NERV است، سازمانی مرموز که توسط گندو ایکاری، مردی سرد و بی‌احساس، رهبری می‌شود. NERV با استفاده از ربات‌های عظیم‌الجثه‌ای به نام "اوانجلیون" که مجهز به سلاح‌های فوق‌پیشرفته و سپرهای محافظی موسوم به "میدان وحشت مطلق" هستند، با فرشتگان مبارزه می‌کند. سال‌ها پس از رها شدن توسط پدرش، شینجی ایکاری، پسر ۱۴ ساله‌ی گندو، به توکیو-۳ بازمی‌گردد. او درگیر نبردی درونی با زخم‌های روانی ناشی از فقدان مادرش و بی‌توجهی عاطفی پدرش است. ترس از ارتباط با دیگران، او را در لاک تنهایی فرو برده است، اما زندگی‌اش پس از ملاقات با میساتو کاتسوراگی، افسر بلندپایه‌ی NERV، دستخوش تغییر می‌شود. میساتو، زنی ۲۹ ساله، با روحیه‌ای آزاد و مادرانه، مهربانی‌ای را به شینجی نشان می‌دهد که او هرگز تجربه نکرده است. حمله‌ای ویرانگر از سوی یکی از فرشتگان، شینجی را به مبارزه وامی‌دارد، چرا که گندو بالاخره هدف واقعی از بازگرداندن پسرش به توکیو-۳ را فاش می‌کند: شینجی تنها فردی است که می‌تواند واحد-۰۱ اوانجلیون را با بدن خود همگام کند و آن را هدایت کند. با وجود زخم‌های عمیق روانی که هدایت اوانجلیون برای او به همراه دارد، شینجی به دفاع از توکیو-۳ در برابر تهدید فرشتگان ادامه می‌دهد—غافل از نیت‌های تاریک پدرش...